Bunga kedelai termasuk bunga sempurna, setiap bunga mempunyai alat kelamin ganda, yaitu kelamin jantan dan alat kelamin betina. Penyerbukan bunga kedelai terjadi pada saat mahkota bunga masih menutup, sehingga kemungkinan kawin silang alami sangat kecil. Bunga terletak pada ruas-ruas batang, berwarna
.